분자모델링

Schrodinger for CADD CADD 업무를 수행하기 위해 다양한 프로그램을 이용할 수 있다. 그중에서도 높은 성능을 보이고, 매 분기 꾸준한 업데이트를 진행하는 Schrodinger 사의 Maestro를 이용하여 화합물과 단백질 구조들을 주로 다루는 것을 앞으로 이야기해보고자 한다. 생체 내 타겟(단백질 등)이라는 입체 자물쇠 구조에 맞는 화합물 열쇠를 찾는 것이 신약개발의 목표이기 때문에, 우리는 항상 두 가지를 준비해야 한다. 바로, 단백질 구조와 Docking 하려는 화합물 구조이다. 타겟과 구조에 따라 다르지만, 저분자 화합물의 분자량은 약 500 내외이고, 단백질 구조는 이 보다 몇백 배는 큰 분자량을 가지고 있다. 따라서 저분자 화합물은 Chemdraw나 Marvin과 같이 화합물 ..

신약개발 “신약 개발”이라고 하면 무엇이 떠오르는가? 신생 바이오 벤처 기업이 그 누구도 발견해내지 못한 것을 해냈다며, 당장 투자해야 한다는 증권가 찌라시가 생각날 수도 있다. 혹은, 아래의 그림처럼 pipette으로 신비한 액체를 옮기며 알 수 없는 실험들을 하는 것을 보았을 것이다. 하지만 실제는 더 복잡하고 오래 걸리는 고통과 인내의 작업이다. 그렇다면 과연 신약개발이란 무엇인가? 아래의 도표는 교과서에서 나타내는 신약 개발의 전반적인 단계를 나타낸 것이다. 신약개발의 단계 신약 개발 과정은 크게 사람을 대상으로 하는 임상시험(Clinical Test)과 임상 시험 전에 세포와 동물실험을 통해 안전성과 유효성을 확인하는 전임상 시험(Pre-clinical Test)이 있다. 생물학적 제제가 아닌 ..