Protein Preperation

Receptor Grid Generation 앞서 우리는 단백질을 어떻게 다루는지 알아봤다. 이전 링크 이 단백질 구조에서 이미 저해제(Inhibitor)나 작용제(Agonist), 혹은 생체 내 기질(Substrate)이 결합되어 있는 결정구조도 있을 것이고 순수한 단백질(Apo form)만 있는 경우도 있을 것이다. (Allosteric 저해제를 발굴하는 전략은 조금 다르니 나중에 논의하도록 한다.) 대부분은 생체 내 기질과 유사한 위치에서 작용하는 약물을 개발하는데 힘쓸 것이다. 따라서 결정구조의 대조 물질이나 기질의 X, Y, Z 절대 좌표를 중심으로 아래 그림처럼 붉은색 정육면체 영역을 설정할 수 있고, 이것이 Binding Site를 설정하는 것이다. 설정된 영역 내부를 기준으로 컴퓨터는 내가..