Receptor Grid Generation

Sitemap 앞서 설명한 단백질 구조로부터 BInding Site를 Grid로 설정하는 방법에 대해 다루었다. 이전 링크 만약 Apo form의 단백질 혹은 BInding SIte가 규명되지 않았다면 어떻게 해야 할까? 관련 논문을 통해 Key amino acid를 찾는 것이 첫 번째 방법일 것이다. 많은 논문에서 아미노산의 Point Mutation 이용하여 활성의 변화를 통해 Key Role을 하는지 확인하는 실험방법을 사용한다. 특정 Pocket이 정의되지 않았다면, 아미노산의 서열 번호를 이용하여 Template를 설정할 수 있다. 만약 이 정보도 없는 상황이라면, Pocketable한 자리를 임의로 선정하여 Grid Template를 제작할 수 있다. 이때 Sitemap이라는 Job을 사용하면..

Receptor Grid Generation 앞서 우리는 단백질을 어떻게 다루는지 알아봤다. 이전 링크 이 단백질 구조에서 이미 저해제(Inhibitor)나 작용제(Agonist), 혹은 생체 내 기질(Substrate)이 결합되어 있는 결정구조도 있을 것이고 순수한 단백질(Apo form)만 있는 경우도 있을 것이다. (Allosteric 저해제를 발굴하는 전략은 조금 다르니 나중에 논의하도록 한다.) 대부분은 생체 내 기질과 유사한 위치에서 작용하는 약물을 개발하는데 힘쓸 것이다. 따라서 결정구조의 대조 물질이나 기질의 X, Y, Z 절대 좌표를 중심으로 아래 그림처럼 붉은색 정육면체 영역을 설정할 수 있고, 이것이 Binding Site를 설정하는 것이다. 설정된 영역 내부를 기준으로 컴퓨터는 내가..