[13] Schrodinger Maestro : LigPrep

LigPrep

앞에서 언급했듯이, 단백질에 특정 저분자 화합물이 달라붙는지 확인하고 연구하는 과정을 Docking Study라고 한다. 이를 위해서는 목표로 하는 단백질의 구조를 전 처리하고, Grid로 만들어 적절한 자물쇠로 만드는 작업이 필요하다. 이전 링크

자물쇠를 위와 같이 만들고 나면, 열쇠가 되는 저분자 화합물도 적절하게 전처리 과정을 통해 제작해야 할 필요가 있다. 화합물 구조를 Maestro에서 직접 그릴 수도 있지만, 수많은 구조들을 불러오기 위해 보통, .csv 확장자의 Smiles 등의 Text 기반 데이터를 이용하거나, 구조 정보들이 담긴 .sdf 확장 파일들을 이용한다. 대부분의 구조에서는 아래 그림처럼 Raw 데이터가 3D 구조정보를 포함하고 있지 않는다. 또한, pH 등 특정 Background에 따른 conformation의 변화 등이 고려되어있지 않기 때문에 아래와 같이 LigPrep Job을 이용하여 분자를 적절하게 전 처리할 수 있다.

LigPrep Setting

Ligprep Job은 비교적 직관적으로 설정 항목을 이해할 수 있다. 맨 위에서부터 구조 파일을 불러오고, Criteria File등을 이용하여 제한조건을 설정할 수 있다. Criteria를 이용하면 수백만 개 이상의 구조에서 원하는 특정 구조 군만을 Output 하므로, 선택적으로 HTVS를 위한 데이터를 얻기에 좋은 장점이 있다.

목표로 하는 단백질과 Target pH등을 맞추어 실제 In vitro상황과 유사하게 설정할 수 있고, Computation Tap을 통해 각 구조의 입체 이성질체를 Enumeration 할 수 있다.

이 작업을 거치게 되면 아래와 같이 적절한 상태의 안정한 저분자화합물의 구조를 얻을 수 있다.

Result