CADD

LigPrep 앞에서 언급했듯이, 단백질에 특정 저분자 화합물이 달라붙는지 확인하고 연구하는 과정을 Docking Study라고 한다. 이를 위해서는 목표로 하는 단백질의 구조를 전 처리하고, Grid로 만들어 적절한 자물쇠로 만드는 작업이 필요하다. 이전 링크 자물쇠를 위와 같이 만들고 나면, 열쇠가 되는 저분자 화합물도 적절하게 전처리 과정을 통해 제작해야 할 필요가 있다. 화합물 구조를 Maestro에서 직접 그릴 수도 있지만, 수많은 구조들을 불러오기 위해 보통, .csv 확장자의 Smiles 등의 Text 기반 데이터를 이용하거나, 구조 정보들이 담긴 .sdf 확장 파일들을 이용한다. 대부분의 구조에서는 아래 그림처럼 Raw 데이터가 3D 구조정보를 포함하고 있지 않는다. 또한, pH 등 특정 ..

Sitemap 앞서 설명한 단백질 구조로부터 BInding Site를 Grid로 설정하는 방법에 대해 다루었다. 이전 링크 만약 Apo form의 단백질 혹은 BInding SIte가 규명되지 않았다면 어떻게 해야 할까? 관련 논문을 통해 Key amino acid를 찾는 것이 첫 번째 방법일 것이다. 많은 논문에서 아미노산의 Point Mutation 이용하여 활성의 변화를 통해 Key Role을 하는지 확인하는 실험방법을 사용한다. 특정 Pocket이 정의되지 않았다면, 아미노산의 서열 번호를 이용하여 Template를 설정할 수 있다. 만약 이 정보도 없는 상황이라면, Pocketable한 자리를 임의로 선정하여 Grid Template를 제작할 수 있다. 이때 Sitemap이라는 Job을 사용하면..

Schrodinger for CADD CADD 업무를 수행하기 위해 다양한 프로그램을 이용할 수 있다. 그중에서도 높은 성능을 보이고, 매 분기 꾸준한 업데이트를 진행하는 Schrodinger 사의 Maestro를 이용하여 화합물과 단백질 구조들을 주로 다루는 것을 앞으로 이야기해보고자 한다. 생체 내 타겟(단백질 등)이라는 입체 자물쇠 구조에 맞는 화합물 열쇠를 찾는 것이 신약개발의 목표이기 때문에, 우리는 항상 두 가지를 준비해야 한다. 바로, 단백질 구조와 Docking 하려는 화합물 구조이다. 타겟과 구조에 따라 다르지만, 저분자 화합물의 분자량은 약 500 내외이고, 단백질 구조는 이 보다 몇백 배는 큰 분자량을 가지고 있다. 따라서 저분자 화합물은 Chemdraw나 Marvin과 같이 화합물 ..

신약개발 “신약 개발”이라고 하면 무엇이 떠오르는가? 신생 바이오 벤처 기업이 그 누구도 발견해내지 못한 것을 해냈다며, 당장 투자해야 한다는 증권가 찌라시가 생각날 수도 있다. 혹은, 아래의 그림처럼 pipette으로 신비한 액체를 옮기며 알 수 없는 실험들을 하는 것을 보았을 것이다. 하지만 실제는 더 복잡하고 오래 걸리는 고통과 인내의 작업이다. 그렇다면 과연 신약개발이란 무엇인가? 아래의 도표는 교과서에서 나타내는 신약 개발의 전반적인 단계를 나타낸 것이다. 신약개발의 단계 신약 개발 과정은 크게 사람을 대상으로 하는 임상시험(Clinical Test)과 임상 시험 전에 세포와 동물실험을 통해 안전성과 유효성을 확인하는 전임상 시험(Pre-clinical Test)이 있다. 생물학적 제제가 아닌 ..